Najważniejszym prezentowanym eksponatem jest jedyny na świecie zachowany w całości oraz idealnym stanie, prehistoryczny nosorożec włochaty. Wizerunek tego wymarłego ponad 12 tysięcy lat temu zwierzęcia stanowi logo muzeum. Muzeum posiada trzy wystawy stałe: „Świat łowców mamutów. Paleolit – przyroda i sztuka”, „Mięczaki świata” oraz „Rozmowa z kamieniem” (wystawa minerałów i skamieniałości).
Co więcej, w Muzeum Przyrodniczym PAN oglądać można wiele interesujących ekspozycji czasowych. Organizowane są tu również lekcje przyrody i historii, a także przyjęcia urodzinowe dla dzieci.
Działalność muzeum rozpoczęła się już w 1865 roku, kiedy to Komisja Fizjograficzna Towarzystwa Naukowego Krakowskiego rozpoczęła gromadzenie zbiorów. Pierwszą wystawę dla zwiedzających otwarto w 1888 roku.