Muzeum zajmuje się gromadzeniem obiektów sztuki sakralne od czasów średniowiecznych do współczesności. Do najcenniejszych obiektów należą XIII wieczna malowidło przedstawiające święte Katarzynę i Agnieszkę oraz rzeźby gotyckich Pięknych Madonn. Oprócz tego Muzeum ma kolekcję Darów Papieskich przekazanych przez Jana Pawła II. Można tu też zobaczyć odtworzony wygląd pokoju, w którym mieszkał Karol Wojtyła na Kanoniczej.
Muzeum Archidiecezjalne zostało powołane w 1906 roku. Jednak budynku z możliwością ekspozycji zbiorów doczekało się dopiero w końcu XX wieku. Jego głównym polem zainteresowania jest sztuka sakralna. Są tu obrazy, rzeźby, naczynia, sprzęty i szaty liturgiczne. Najstarsze pochodzą z XIII wieku. Należy do nich najstarszy polski obraz o tematyce religijnej z wizerunkami świętych Katarzyny i Agnieszki. Z przełomu XIV i XV wieku pochodzą natomiast Piękne Madonny, figury Matki Bożej z Dzieciątkiem.
W budynkach na ulicy Kanoniczej znajdują się dwie wystawy poświęcone Janowi Pawłowi II. Jedna to odtworzony pokój Karola Wojtyły z czasów jego pracy na Uniwersytecie Jagiellońskim. Zachowało się jego pełne umeblowanie, a także książki sutanny oraz przedmioty codziennego użytku. W pozostałych pomieszczeniach eksponowane są dary, które papież otrzymywał w trakcie trwania pontyfikatu od gości i w czasie zagranicznych pielgrzymek.
Atrakcje wewnątrz
