Reprezentacyjne Komnaty Królewskie zajmują drugie piętro zamku. W ich skład wchodzą między innymi Sala Poselska, Turniejowa, Pod Ptakami, Pod Planetami, Kaplica Królewska oraz największa w całym zamku Sala Senatorska. W części z nich zachowały się oryginalne drewniane stropy oraz malowane renesansowe fryzy. Sale ozdobione są kurdybanami z XVIII wieku oraz kolekcją XVI wiecznych arrasów.
Drugie piętro skrzydła wschodniego i południowego przeznaczone było na Wawelu do przyjmowania gości, obrad skupionych przy królu gremiów, uczt i balów. To właśnie te komnaty uchodzą za najcenniejsze w całym zamku. Największą z nich jest Sala Senatorska. Jej ściany zdobią ogromne arrasy ze scenami biblijnymi. Z kolei w Sali Poselskiej można zobaczyć sufit z kasetonami, w których umieszczono rzeźbione ludzkie głowy. Pierwotnie było ich ponad 190, do dziś przetrwało zaledwie 30. Salę tę obiega renesansowy fryz przedstawiający historię ludzkiego życia.
Na drugim piętrze mieści się także prywatna kaplica królewska wybudowana dla Zygmunta III Wazy. Zachowała się tu oryginalna dekoracja stiukowa. Można tu zobaczyć XVI wieczny tryptyk oraz niewielki obraz pośmiertny Zygmunta III.