Kaplica Świętokrzyska nazywana także Jagiellońską znajduje się przy wschodniej części nawy. Budowana była jako mauzoleum Kazimierza Jagiellończyka. Jej ściany pokrywają odrestaurowane w XX wieku średniowieczne rusko- bizantyńskie malowidła. W kaplicy można zobaczyć dwa XV wieczne ołtarze- tryptyki oraz późnogotycki nagrobek Kazimierza Jagiellończyka.
Kaplica Krzyża Świętego została ufundowana przez Kazimierza Jagiellończyka. Od początku miała być kaplicą grobową jego i żony Elżbiety Rakuszanki. Do dziś można podziwiać wiele elementów jej pierwotnego wyposażenia, w tym szczęśliwie odrestaurowane freski rusko- bizantyńskie oraz wykonane w krakowskich warsztatach średniowieczne tryptyki Trójcy Świętej oraz Matki Bożej. Na początku XX wieku kaplicę ozdobiono witrażami zaprojektowanymi przez Józefa Mehoffera.
Głównym elementem wyposażenia kaplicy jest późnogotycki nagrobek Kazimierza Jagiellończyka wyrzeźbiony przez Wita Stwosza. W XVIII wieku w kaplicy spoczął także biskup Kajetan Sołtyk.