Church of Saint Francis of Assisi to barokowa świątynia w Valletcie, ufundowana w 1681 r. przez Wielkiego Mistrza joannitów, Gregorio Carafa, którego herb widnieje do dziś na fasadzie budowli. Obecną świątynię wzniesiono po wyburzeniu wcześniejszej, która powstała w 1607 roku za panowania Wielkiego Mistrza Alofa de Wignacourt.
W kościele znajduje się seria obrazów przedstawiających sceny z życia św. Franciszka z Asyżu, których autorem jest Mattia Preti – niezwykle płodny włoski malarz barokowy, osiadły na Malcie. Na szczególną uwagę zasługuje „obraz w obrazie”, przedstawiający Matkę Boską z Dzieciątkiem i św. Grzegorzem oraz portretem Gregorio Carafy.
Ostateczną formę nadała kościołowi przebudowa w latach 20. XX w. Budynek został powiększony i dobudowano kopułę. Zachowano większość elementów zdobienia fasady, w tym umieszczoną w niszy w narożniku zabytkową rzeźbę św. Franciszka z Asyżu.