Katedra św. Jana to perła sztuki barokowej, świątynia zakonu joannitów (szpitalników, kawalerów maltańskich) wzniesiona w latach 1573-1578 według projektu Girolamo Cassara. W katedrze znajduje się wiele relikwii, w tym prawa ręka św. Jana Chrzciciela. Najcenniejszymi dziełami sztuki malarskiej są dwa obrazy Michelangelo Merisi da Caravaggio – „Ścięcie św. Jana Chrzciciela” i „Św. Hieronim piszący”.
W katedrze znajduje się największy na świecie zbiór arrasów (tapiserii) – 29 gobelinów przedstawiających sceny z życia Chrystusa. Są one darem Wielkiego Mistrza Ramona Perellosa y Roccafula, wybranego w 1697 r. Zgodnie z kodeksem joannitów, każdy nowy Wielki Mistrz zobowiązany był hojnie obdarować kościół. Posadzka katedry pokryta jest płytami nagrobnymi pochowanych tu rycerzy zakonnych.
Każda z ośmiu kaplic znajdujących się w świątyni poświęcona jest jednemu z „języków”, czyli jednej z formacji narodowo-terytorialnych joannitów, którzy wywodzili się z Prowansji, Owernii, Francji, Anglii, Włoch, Niemiec, Aragonii i Kastylii.