Das Saint Isidore Museum (Museo San Isidro) in Madrid wurde im Jahr 2000 vom damaligen Bürgermeister der Stadt, José María Álvarez del Manzano, eröffnet. Es beherbergt eine Ausstellung mit 500.000 Jahren Geschichte in Madrid und Umgebung. Es wurde nach dem Schutzpatron der Stadt benannt.
Die Ausstellung gliedert sich in drei Hauptteile: "Before Madrid", "Madrid", "Saint Isidore". Im ersten Teil können Sie prähistorische Exponate sehen und die Geschichte dieser Gebiete kennenlernen, bevor die ersten städtischen Gebäude entstehen. Der zweite Teil zeigt den Aufstieg und die Entwicklung der spanischen Hauptstadt. Der letzte ist dem Schutzpatron von Madrid und seiner Lebenszeit gewidmet.
Die Dauerausstellung des Museums erstreckt sich über eine Fläche von ca. 600 m² in einem Gebäude namens St. Isidor. Es handelt sich um eine Rekonstruktion des ursprünglichen Gebäudes, dessen Überreste zusammen mit dem Renaissancehof und der Kapelle aus dem 17. Jahrhundert jederzeit bewundert werden können.