Muzeum Diecezjalne w Zamościu mieści się w budynkach kurii diecezjalnej. W jego zbiorach znajduje się przede wszystkim sztuka sakralna zarówno zachodnia jak i wschodnia oraz wyroby rzemiosła artystycznego i pamiątki z wizyty Jana Pawła II w Zamościu.
Muzeum powstało w 2000 roku. Jego zbiory pochodzą z parafii wchodzących w skład diecezji zamojsko- lubaczowskiej. Jej tereny do 1947 roku były zamieszkiwane w dużej części przez ludność prawosławną i grekokatolicką. Z tego względu znaczącą część zbiorów stanowią ikony pochodzące z okolicznych cerkwi, opustoszałych po przesiedleniu ludności ukraińskiej. Najcenniejsze z nich pochodzą z XVI i XVII wieku z Narola, Górecka Kościelnego, Płazowa i Gorysławic.
W zbiorach muzeum jest też rzeźba sakralna oraz przedmioty rzemiosła artystycznego, takie jak kielichy i naczynia liturgiczne, szaty liturgiczne czy elementy dekoracyjne. Osobną wystawę stanowią pamiątki z wizyty papieża Jana Pawła II w Zamościu, w tym tron papieski.