Muzeum to ciekawa atrakcja, w szczególności dla miłośników historii uzbrojenia. Kolekcje muzealne to zarówno przegląd historii miasta Zamościa i twierdzy, jak i kolekcje broni palnej, białej, umundurowania i wyposażenia. W nowym pawilonie można obejrzeć wystawę poświęconą taktykom wojennym i broni XX wieku.
Muzeum obejmuje trzy niezależne obiekty, spośród których najstarszym jest budynek Arsenału, wybudowany w latach 1582-1583. W przeszłości budynek znajdował się w ciągu murów obronnych pałacu Zamoyskich. Obecną lokalizację budynek otrzymał w XVII wieku. Obecny wygląd Arsenału to efekt przebudowy w I połowie XIX wieku. Od tego czasu też obiekt pełnił funkcję państwowego obiektu wojskowego.
Drugim budynkiem muzealnym jest Prochownia mieszcząca obecnie kasę biletową oraz salę, w której prezentowany jest spektakl multimedialny prezentujący historię miasta i twierdzy. Sala ma ograniczoną liczbę miejsc, dlatego udział w prezentacji wymaga wcześniejszej rezerwacji.
Trzeci budynek muzeum, Pawilon pod Kurtyną, jest nowoczesnym obiektem poświęconym najnowszej historii. Prezentowana tu stała ekspozycja nosi tytuł: „Zamojszczyzna na tle działań militarnych i rozwój techniki wojskowej w XX w”.