Posiadające w swoich zbiorach niezwykle cenną kolekcję sztuki średniowiecznej, a także unikalną kolekcję sztuki polskiej muzeum uważane jest jedno z najważniejszych w kraju. Wśród eksponatów znajdują się zarówno dzieła sztuki, jak i wyroby rzemiosła artystycznego oraz ceramiki z okresu od średniowiecza do współczesności.
Ciekawostkę muzeum stanowi sala osobliwości, w której można zobaczyć m.in. mumię egipską. Perłą kolekcji jest rzeźba tronującej Marii na lwach z XIV wieku oraz wykonana ok. 1500 roku Herma relikwiarzowa świętej Doroty. Sztukę barokową reprezentują obrazy Michaela Willmanna, a sztukę polską takie nazwiska, jak Gierymski, Matejko, Wyspiański, Grottger, Malczewski, Chełmoński, Rodakowski i Boznańska.
Wśród eksponatów znalazły się też nowoczesne fotografie, environment, projekty konceptualne i dokumentacja happeningów. Nie zabrakło również współczesnych twórców, jak Hasior, Nowosielski, Witkacy czy Abakanowicz oraz twórców z krajów skandynawskich.