Muzeum Ziemi Sejneńskiej gromadzi zbiory związane z archeologią, dominikanami, biskupami sejneńskimi, z Wojskiem Polskim, numizmatami, czy szkołami sejneńskimi i wielokulturowością regionu. Dodatkowo placówka organizuje lekcje muzealne dla dzieci i młodzieży oraz zajmuje się wydawnictwem i ochroną zabytków.
Wewnątrz muzeum znajduje się kilka wystaw zaprezentowanych w oddzielnych pomieszczeniach. W sali numizmatycznej ukazano zbiory banknotów i monet pochodzących z różnych krajów oraz okresów. W pokoju poświęconym dominikanom i biskupom sejneńskim zobaczymy liczne dokumenty zakonników, pisma urzędowe, portrety papieży i biskupów, a także przedmioty liturgiczne i dary od parafian.
Jedno z pomieszczeń dotyczy szkół sejneńskich, w którym obejrzymy stare podręczniki, dzienniki szkolne oraz świadectwa. W sali wojskowej ukazano szable, karabiny, bagnety oraz albumy, kroniki, pamiątkowe fotografie i tajne dokumenty. Ostatni pokój przedstawia eksponaty związane z wielokulturowością regionu, np. Biblię niemiecką i prawosławną oraz polskie książeczki do nabożeństwa, wydawnictwa z drukarni litewskiej z początku XX wieku, czy przedmioty „kuchni litewskiej”.