Wawel Zaginiony to niezwykła wystawa, która pozwala na poznanie dziejów i wyglądu Zamku Królewskiego sprzed przebudów. Jest ona zlokalizowana w pobliżu reliktów romańskiej rotundy świętego Feliksa i Adaukta. Obejmuje rezerwat archeologiczny, wystawę kafli, makiety dawnych budowli znajdujących się na Wzgórzu Wawelskim oraz lapidarium z elementami kamieniarki odnalezionej w obrębie Zamku.
Wystawa działa od 1975 roku. Jej najważniejszym zadaniem jest pokazanie zwiedzającym, że historia Wawelu sięga czasów wczesnego średniowiecza, a budynki stojące na Wzgórzu miały swoich poprzedników. Centralnym punktem ekspozycji jest rezerwat archeologiczny rotundy świętych Feliksa i Adaukta. Zrekonstruowane w początkach XX wieku mury z przedromańskim aneksem grobowym należą do najstarszych kamiennych budowli w obrębie Wawelu.
Kolejne pomieszczenia królewskiej wozowni i kuchni mają zachowane średniowieczne elementy architektoniczne. Umieszczono tu wystawy odnalezionych na Wawelu kafli, a także makiety budowli, które w przeszłości stały na Wzgórzu. Ostatnia część ekspozycji to lapidarium, w którym zgromadzono fragmenty kamiennych detali architektonicznych , kolumn, fryzów i portali, a także gipsowe odlewy zdobień z Kaplicy Wazów.