Muzeum Misyjno-Ornitologiczne w Kodniu to muzeum sakralno-przyrodnicze, które mieści się w budynku przy furcie klasztornej. Wewnątrz znajdują się dwie sale wystawowe. Na pierwszej umieszczono pamiątki przywiezione przez zakonników z misji oraz jaja wielu gatunków ptaków. W drugim pomieszczeniu pokazano przedmioty i dzieła sztuki sakralnej. W podziemiach sanktuarium mieszczą się krypty z trumnami ludzi, którzy związani byli z miastem oraz wystawa ich figur woskowych.
W pierwszym pomieszczeniu znajdują się głównie pamiątki przywiezione przez misjonarzy z różnych krajów świata. Składają się na nie elementy strojów, instrumenty muzyczne oraz przedmioty codziennego użytku. Wystawa została wzbogacona ekspozycją ptasich jaj. W drugim pokoju zaprezentowano między innymi stare ornaty, kielichy, księgi, wizerunki Matki Bożej Kodeńskiej, ale także dawne monety i banknoty.