Kościół świętego Mikołaja to gotycka, trójnawowa budowla halowa. Góruje nad zabudową Starego Miasta w Znojmie i widoczna jest z różnych punktów miasta. W XIX wieku do świątyni dobudowano po stronie prezbiterium neogotycką wieże z wysoką iglicą. Wyposażenie wnętrza jest przeważnie barokowe, ale w prezbiterium zachowały się gotyckie freski.
Pierwsze wzmianki o kościele świętego Mikołaja pochodzą z XI wieku. Była to wówczas budowla romańska. Uległa ona zniszczeniu podczas pożarów i w XIV wieku rozpoczęto budowę nowej świątyni. Wzniesiono ją z częściowym wykorzystaniem starych murów. Powstała budowla o trzech nawach wspartych na wielobocznych filarach i nakrytych sklepieniem sieciowym. Prezbiterium jest nieco węższe, prostokątnie zamknięte, a obecnie stoi przy nim XIX wieczna wieża.
Wnętrze kościoła kryje wiele ciekawych obiektów. W prezbiterium zachowały się gotyckie freski przedstawiające sceny z Pisma Świętego. Sam ołtarz jest znacznie późniejszy, bo XVIII wieczny. Umieszczono w nim obraz przedstawiający świętego Mikołaja wstrzymującego egzekucję niesłusznie skazanych młodzieńców. W kaplicy bocznej znajduje się otoczony czcią obraz Matki Boskiej Karmicielki. W kościele można też zobaczyć szklaną trumnę z relikwiami świętego Bonifacego.