Das Nationalmuseum für Naturgeschichte befindet sich in einem Palast aus dem 18. Jahrhundert, der vom Großmeister des Knights Hospitaller Antonio Manoel de Vilhena erbaut wurde. Das Museum präsentiert Exponate aus vielen Bereichen, die sich unter anderem widmen Maltesische Geologie und Paläontologie sowie Flora und Fauna des Mittelmeers. Der Stolz der Sammlung ist der größte Tintenfisch, der jemals vor der Küste Maltas gefangen wurde.
Das Museum war im Besitz der sogenannten Goodwill Moon Rock - ein Fragment des Mondgesteins, das von der Weltraummission Apollo 17 gebracht wurde. US-Präsident Richard Nixon gab die Felskrümel 1973 allen Ländern der Welt, einschließlich Malta. Der 5-Millionen-Dollar-Mondstein wurde 2004 von unbekannten Tätern gestohlen.
Im Museum können Sie die reichen Sammlungen von Insekten, Muscheln und Vögeln sehen. Die Dioramen zeigen typische Vorkommensorte bestimmter Arten. Die Anlage hat auch mehrere hundert Steine und Mineralien in ihrer Rohform und nach der Verarbeitung (Ornamente, Schmuck und Gebrauchsgegenstände).