Das Kathedralenmuseum in Mdina gilt als eines der besten Kirchenmuseen Europas. Die Sammlung umfasst viele wertvolle Gemälde, Rembrandts Stiche, antike Reliquien und original mittelalterliche Manuskripte, einschließlich der Aufzeichnungen der Heiligen Inquisition vom Beginn des 15. Jahrhunderts. Das Dommuseum ist berühmt für die reiche Sammlung von Werken von Albrecht Dürer (1471-1528), der als der größte Künstler der deutschen Renaissance gilt.
Die Dürer-Sammlung besteht aus einer umfangreichen Sammlung von Holzschnitten und Kupferplatten. Darin stechen die Serien Das Leben der Jungfrau (eine Reihe von Szenen aus dem Leben der Jungfrau Maria) und Die kleine Passion (Bilder der Passion und des Todes Christi) hervor. Die Sammlung mehrerer Skulpturen der Apostel aus Gold und Silber verdient besondere Aufmerksamkeit.
Der Sitz des Kathedralenmuseums ist ein prächtiger Barockpalast, der 1733 im Auftrag von Erzbischof Mdina Paolo Alpheran de Bussan (1728-1757) erbaut wurde. Es beherbergte ein theologisches Seminar - das Museum wurde 1969 gegründet.