Pod koniec XI w. wyspa stała się własnością zakonu benedyktynów, którzy wznieśli tu kościół pod wezwaniem św. Bartłomieja. Ze względu na to, że wyspa otoczona była solankami z czasem stała się ważnym w regionie ośrodkiem produkującym sól. W 1468 r. powstał tu szpital, którego zadaniem było zapobieganie wybuchom różnych epidemii. Wyspa stała się miejscem kwarantanny dla statków, których członkowie załogi mogli być nosicielami choroby.
Z czasem budynki szpitalne przestawały pełnić swoją pierwotną funkcję, by w czasach napoleońskich stać się częścią systemu obronnego laguny. Włoska armia stacjonowała na wyspie do 1975 r. po czym opuściła wyspę. Lazzaretto Nuovo jest jedną z nielicznych wysp weneckiej laguny, która poddawana jest tak silnym procesom odzyskiwania.
Organizowane tu letnie obozy archeologiczne przyczyniają się w dużej mierze do tego, że wyspa jest miejscem wielu inicjatyw edukacyjnych, badawczych oraz naukowych. Obecnie jest ona częścią miejskiego obwodu naukowego – należy do Systemu Bibliotek Muzeum Prowincji Weneckiej. Bierze również udział w Programach Edukacyjnych Miasta Wenecji.