Muzeum Aveiro rozpoczęło działalność w I poł. XX wieku. Jego siedzibą jest dawny klasztor Jezusa, w którym ostatnie swoje dni spędziła patronka miasta Aveiro – księżniczka Joanna Portugalska. Arystokratka była głównym darczyńcą muzeum. W jego bogatych zbiorach znajdują się unikatowe dzieła sztuki sakralnej od X do XV wieku. Perłą kolekcji jest XVII wieczne arcydzieło mozaikowe - grobowiec św. Joanny.
Klasztor Jezusa należał do żeńskiego Zakonu Dominikańskiego, a jego historia sięga II poł. XV wieku. Obecny barokowy wygląd jest efektem renowacji budynku w XVII wieku. W 1910 roku klasztor został zamknięty.
Zgromadzeniu sławę na całym świecie przyniósł kult religijny św. Joanny. Córka króla Portugalii Alfonsa V spędziła w klasztorze ostatnie 20 lat swojego życia. Nigdy nie dostąpiła zaszczytu przyjęcia pełnych ślubów zakonnych, jednak jej postawa życiowa przyczyniła się do jej beatyfikacji w 1693 roku.