Wystawy muzealne zostały głównie poświęcone upamiętnieniu Wiosny Ludów, strajku dzieci wrzesińskich oraz powstaniu wielkopolskiemu. Mieszczą się tu również ekspozycje dotyczące zabytków archeologicznych, opisujących dzieje miasta Wrześni i jego okolic od pradziejów po czasy współczesne oraz muzealia pochodzące z grodziska w niedalekim Grzybowie.
Siedzibą muzeum jest dawna szkoła pruska, w której w maju 1901 roku doszło do strajku dzieci o prawo do polskiego pacierza. Wewnątrz zaprezentowano fotografie strajkujących uczniów, wzbogacone o ich życiorysy, a także zdjęcia nauczycieli tejże placówki. Niezwykle cennym zabytkiem, które muzeum kupiło na jednej z aukcji, jest zeszyt jednego ze słynnych uczniów. Co ciekawe obiekt zachował się pomimo upływu stu lat.