Trzecia z kolei świątynia parafialna wzniesiona w Wieliczce. W jej wnętrzu znajduje się wiele zabytkowych ołtarzy oraz dzieł sztuki sakralnej. Najcenniejsze z nich - pochodzące nawet z XV wieku - przechowywane są w skarbcu kościelnym. Patronem kościoła jest św. Klemens - papież, opiekun górników.
Świątynia została wzniesiona na początku XIX wieku w stylu józefińskim. Wcześniej na jej miejscu znajdowały się starsze kościoły - drewniany oraz murowany. Pozostałością po drugim z nich jest zachowana kaplica grobowa rodziny Morsztynów, ozdobiona stiukami włoskiego artysty Baltazara Fontany. Na przestrzeni lat architektura świątyni była wielokrotnie zmieniana.
Obok kościoła mieści się dzwonnica ufundowana przez króla Jana III Sobieskiego w ramach dziękczynienia po zwycięstwie nad Turkami. W latach 2001 - 2012 przeprowadzona została gruntowna renowacja kościoła, obejmująca między innymi odnowienie polichromii oraz elewacji.