Na wystawie można obejrzeć pamiątki dokumentujące życie codzienne mieszkańców Kujaw, Pałuk, Kaszub, ziemi chełmińskiej. Kolekcja liczy 60 tys. eksponatów. Tradycyjną ekspozycję urozmaicono pokazami multimedialnymi i prezentacjami. W budynku muzeum prezentowane są też tematyczne wystawy czasowe, prezentujące kulturę różnych grup etnicznych z kraju i zza granicy. Placówka organizuje również wiele imprez mających na celu propagowanie kultury etnicznej.
Zbiory placówki podzielone są na działy: Gospodarki Podstawowej i Rzemiosł, Architektury i Parków Etnograficznych, Rybołówstwa i Zajęć Wodnych, Historii i Socjologii Wsi, Sztuki i Estetyki Ludowej, Folkloru.
Muzeum swoje istnienie zawdzięcza profesor Marii Znamierowskiej-Prüfferowej, której imię nosi obecnie.