Wnętrze XIV-wiecznego kościoła św. Jakuba w Toruniu to gratka dla miłośników sztuki sakralnej z okresu od XIV do XVI wieku. Prawdziwą perłą świątyni jest gotycki krucyfiks przedstawiający Chrystusa wiszącego na drzewie życia, którego gałązki oplatają rzeźby 12 proroków ze Starego Testamentu.
Ściany kościoła zdobią cenne malowidła z XIV-XVI wieku. Wart uwagi jest także obraz pasyjny przedstawiający ostatnie dni życia Chrystusa. Do innych atrakcyjnych elementów wyposażenia zalicza się barokowy ołtarz główny oraz zdobione herbami i filigranowymi rzeźbami renesansowe organy z 1611 roku. Wspaniała jest również wyjątkowa konstrukcja zewnętrza kościoła, wzorowana na kamiennych katedrach zachodnioeuropejskich, dzięki której obiekt uzyskał status najpiękniejszego gotyckiego budynku sakralnego w Toruniu. Zewnętrzna ściana prezbiterium ozdobiona jest napisem wskazującym na rozpoczęcie prac budowlanych w 1309 roku. Gotyckie detale architektoniczne i XIV-wieczne malowidła zdobią również wnętrze prezbiterium.
U stóp ulokowanej przed kościołem rzeźby św. Jakuba Apostoła znajduje się symbol muszli wskazujący na świątynię, jako ważny przystanek na szlaku pielgrzymkowym do grobu św. Jakuba w Santiago de Compostela.