Największe w Polsce muzeum poświęcone historii rzeki. Na wystawie stałej „Wisła w dziejach Polski” prezentowane są autentyczne łodzie z XIX i początku XX w., liczne modele statków wodnych, makiety zabudowań portowych, narzędzia rybackie i szkutnicze, przedmioty pochodzące z wykopalisk. Największym eksponatem jest ponad 10-metrowy bat – XX-wieczna łódź towarowo-pasażerska.
Poznawanie historii Wisły wspierają liczne multimedia. Dzięki nim możliwe jest wcielenie się w rolę szypra i osobiste zaplanowanie przebiegu spławu, nauka gwary flisaków czy poznawanie historii powodzi. Warto zwrócić uwagę na interaktywne prezentacje „zajrzyj i sprawdź”, np. drewnianą skrzynię z napisem „Otwórz, a dowiesz się, co jedli flisacy”.
Scenariusz wystawy oparty jest na XVI-wiecznym poemacie „Flis to jest...” autorstwa Fabiana Sebastiana Klonowica . To jedno z najważniejszych źródeł pisanych na temat tzw. złotego wieku spławu wiślanego (XVI-XVIII w.) – czasu, gdy rzeką transportowano polskie zboże, przeznaczone na rynki całej Europy. Tego okresu dotyczy pierwsza część wystawy. Druga opowiada historię największej polskiej rzeki od czasu rozbiorów po współczesność.