Muzeum posiada zbiory związane z ziemią przemyską, pochodzące głównie z prywatnych kolekcji i stanowiące darowizny od mieszkańców miasta. Znajduje się tu także wiele eksponatów związanych z badanami naukowymi wybitnego biologa Rudolfa Weigla. Obecny budynek muzeum w 2009 roku był jednym z polskich kandydatów do prestiżowej Nagrody Miesa van der Rohe.
W budynku utworzono dział archeologii, w którym zgromadzone zostały eksponaty ze wszystkich epok historycznych. Można tu podziwiać neolityczne wyroby z kamienia, czy przedmioty wykonane z brązu. W dziale etnografii umieszczono przedmioty codziennego użytku, pochodzące z wsi pogranicza polsko-ruskiego.
Kolejny dział – dział historii składa się z archiwaliów dokumentujących Przemyśl oraz ziemię przemyską. Dodatkowo mieszczą się tu pamiątki, między innymi po profesorze Weiglu oraz kompozytorze Malawskim. W dziale dotyczącym sztuki i rzemiosła zgromadzono zarówno dzieła sztuki dawnej, jak i współczesnej. Obejrzymy tutaj malarstwo polskie i zagraniczne, ikony, grafiki, rysunki, tkaniny, czy meble.