W Muzeum można zobaczyć prawie 19 000 eksponatów botanicznych, zoologicznych oraz geologicznych. Na muzealną kolekcję składają się także stare niemieckie mapy. Zainteresowani mogą wziąć udział w lekcjach muzealnych i wykładach przyrodniczych.
Ekspozycja obejmuje okazy dermoplastyczne gadów, ssaków, ptaków oraz ryb. W kolekcji znalazło się 900 takich obiektów. Oprócz wystawy stałej pt. „Zwierzęta Warmii i Mazur” organizowane są wystawy czasowe prezentujące gatunki zwierząt z różnych stron świata.
Ciekawostką olsztyńskiego muzeum jest zielnik Hansa Steffena, niemieckiego botanika. W zielniku, na 460 arkuszach zostały zgromadzone różne okazy roślin. Z wizyty w muzeum zadowoleni będą miłośnicy tajemniczego świata owadów, bogaty zbiór entomologiczny pozwoli im poznać lepiej ich królestwo.