Muzeum Afrykanistyczne posiada jedną z największych w kraju kolekcji związanych z kulturą i sztuką Czarnego Lądu. Można tu zobaczyć bogate zbiory dotyczące Tuaregów i Dogonów - dwóch plemion zamieszkujących Zachodnią Afrykę. Na wystawach znajdują się także afrykańskie instrumenty muzyczne, maski obrzędowe, wyposażenie domostw, narzędzia oraz wiele dzieł sztuki afrykańskich artystów.
Zbiory muzeum to przede wszystkim przedmioty pochodzące z darowizn. Zapoczątkowała je kolekcja Dra Bogdana Szczygła i Bożeny Szczygieł, którzy przekazali swoje zbiory afrykanistyczne. Kolejna duża darowizna trafiła do Olkusza od prof. dr hab. Anny Kulbarskiej i jej męża pilota Leona Kubarskiego.
Kolekcja sztuki afrykańskiej to przede wszystkim wyroby z kości słoniowej, naszyjniki, rzeźby, w tym małe główki na naturalnymi włosami, tkaniny, hafty i fajki. Pozostała część zbiorów koncentruje się wokół zagadnień życia codziennego mieszkańców Czarnego Lądu.