Muzeum mieści się w celach dawnego aresztu Gestapo. W trakcie prac konserwatorskich odtworzono jedną z cel więziennych wraz z wyposażeniem, karcer, a także zabezpieczono inskrypcje pozostawione przez więźniów na ścianach. Zbiory muzeum stanowi głównie korespondencja więźniów zamku oraz dokumenty i pamiątki osobiste skazańców.
Na korespondencję składają się listy, pocztówki oraz grypsy. Prezentowane rzeczy osobiste więźniów to przede wszystkim dowody tożsamości, legitymacje, świadectwa szkolne, zeszyty i podręczniki, a także krzyże harcerskie i tarcze szkolne. W placówce znajdują się również bogate materiały ikonograficzne Lublina z lat 1939–1944 oraz archiwum fotograficzne byłych więźniów Zamku.
Budynek muzealny podczas okupacji zwany był „Pod Zegarem”. Przed wojną stanowił siedzibę Urzędu Ziemskiego. Po przejęciu obiektu przez gestapo jego wnętrza zostały przebudowane.
Na parterze i piętrach mieściły się biura, gdzie m.in. przesłuchiwano więźniów. W piwnicy natomiast były cele więzienne.