Synagoga to jest jedyną krakowską świątynią, w której wierni wyznania żydowskiego regularnie odbywają modlitwy. Ulokowany w jej sąsiedztwie cmentarz liczy sobie około 500 lat, a najstarsze zanotowane pochówki pochodzą z 1551 roku. To również miejsce pielgrzymek Żydów z całego świata, przybywających do grobu Mojżesza Isserlesa zmarłego w 1572r.
Mojżesz był synem kupca Isserla ben Józefa, który ufundował mu synagogę za zgodą samego Zygmunta Augusta w 1556 r. Początkowo drewniany budynek świątyni, który został zniszczony w pożarze dwa lata później odbudowano w wersji murowanej. Renesansowa budowla została kilkakrotnie przebudowana tracąc swój pierwotny charakter.
Poważne zniszczenia spowodowała II wojna światowa, kiedy świątynia pełniła rolę magazynu i składu broni. W latach 1958-1968 bóżnicę odnowiono i zrekonstruowano. Ciekawostką jest, że podczas prac wykopaliskowych prowadzonych w latach 60-tych ubiegłego wieku na pustej parceli odkryto ponad 700 przysypanych ziemią nagrobków z okresu od XVI – XIX w. zdobionych żydowskimi ornamentami. Obecnie w tym miejscu znajduje się 711 zabytkowych nagrobków.