Oddział Główny Muzeum Historycznego zajmuje okazały Pałac Krzysztofory przy Rynku Głównym. Znajduje się tu ekspozycja „Z dziejów i Kultury Krakowa”. Pokazuje ona historię krakowskich cechów rzemieślniczych, miejskiego samorządu oraz unikalne krakowskie tradycje i zwyczaje.
Muzeum funkcjonuje w Pałacu Krzysztofory od 1964 roku. Wcześniej nosiło nazwę Archiwum Akt Dawnych Miasta Krakowa. Obecnie zajmuje się całością przemian i historii miejskich instytucji oraz tradycjami i kulturą właściwą Krakowowi.
Wystawa w Pałacu Krzysztofory poświęcona jest historii i kulturze Krakowa. Zgromadzono tu broń, dzieła sztuki, zdjęcia i dokumenty związane z historią miasta. Obrazu dopełniają pamiątki rodzinne oraz przedmioty codziennego użytku z krakowskich domów. Nie zapomniano także o lokalnych tradycjach, takich jak krakowskie szopki, Lajkonik czy dzieje Bractwa Kurkowego.