Muzeum Farmacji Collegium Medicum UJ mieści się w Krakowie, w zabytkowej kamienicy na Floriańskiej. Zajmuje cały budynek i pokazuje dzieje aptekarstwa od średniowiecza do czasów współczesnych. W Muzeum znajdują się sale poświęcone Ignacemu Łukasiewiczowi, twórcy pierwszej lampy naftowej oraz Tadeuszowi Pankiewiczowi, który prowadził krakowską aptekę „Pod Orłem”.
Dzięki temu, że Muzeum zajmuje całą kamienicę, można w nim było odtworzyć układ pomieszczeń właściwy dla starej apteki. W piwnicach znajdują się magazyny produktów łatwo psujących się, wyżej pomieszczenia apteki, a na poddaszu suszarnie ziół. Muzeum ma bardzo bogate zbiory, w których znajdują się dawne przyrządy aptekarskie, podręczniki do tworzenia leków, grafiki i zdjęcia pokazujące pracę farmaceutów.
Muzeum jest w posiadaniu kompletnego wyposażenia starej apteki z Sanoka, którą do lat sześćdziesiątych XX wieku prowadził Marian Kawski. Są tu także wynalazki z zakresu techniki aptekarskiej, które opatentował w końcu XIX wieku Marian Zahradnik.