Niewielki zabytkowy kościół św. Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty należy do jednych z najstarszych w Krakowie. Ślady pierwszej stojącej na tym miejscu świątyni pochodzą z XII wielu. Obecnie dominuje w nim styl barokowy. Oprócz wotów, wśród których najsłynniejsze są polska karabela, turecka szabla z XVII wieku oraz dwie pary żelaznych kajdan z łańcuchami z XVIII wieku, w kościele można też zobaczyć pochodzące z przełomu XVII i XVIII wieku organy i przepiękny barokowy chór.
Wiernych i turystów przyciąga tu znajdujący się w ołtarzu głównym XVI-wieczny obraz Matki Boskiej Świętojańskiej. Częściej jest ona jednak zwana Matką Boską od wykupu niewolników lub Matką Wolności. Ponoć za jej sprawą uwolniono z ciężkiej niewoli pochodzącego z Prus więźnia.
Od roku 1726 kościołem opiekuje się zakon sióstr prezentek. W kaplicy bocznej, wzniesionej w miejscu dawnej zakrystii, złożono szczątki jego założycielki – Matki Zofii Czeskiej.