W podziemiach kościoła paulinów na Skałce urządzono w latach 1876-1880 panteon narodowy. Spoczywają tu ludzie zasłużeni dla polskiej kultury i nauki. Otwarcie Krypty Zasłużonych wiązało się z 400-leciem śmierci Jana Długosza. Jest on też pierwszym pochowanym w tym miejscu. Oprócz niego spoczywają tu szczątki m.in. Wincentego Pola, Józefa Ignacego Kraszewskiego, Teofila Lenartowicza, Adama Asnyka, Stanisława Wyspiańskiego, Jacka Malczewskiego, Ludwika Solskiego i Czesława Miłosza.
W latach zaborów chowanie bohaterów narodowych w takich kryptach było wyrazem patriotyzmu. Najsłynniejszym miejscem tego typu pochówków była Katedra Wawelska, szybko jednak zabrakło tam miejsca. Dlatego też zdecydowano się na stworzenie nowego panteonu na Skałce. Przygotowane krypty miały powierzchnię 250 metrów kwadratowych i mogły pomieścić około 600 osób.