Kościół św. Franciszka z Asyżu powstał po sprowadzeniu do Krakowa franciszkanów w I połowie XIII w. i był jedną z pierwszych ceglanych budowli w mieście. Mimo licznych pożarów (w tym kilku bardzo poważnych) oraz wielokrotnych remontów w kolejnych wiekach, kościół w dużej mierze zachował do dzisiaj swój gotycki charakter. Do kościoła przylega klasztor zakonu franciszkanów.
Kościół posiada trzy kaplice, powstałe między XV a XIX wiekiem: Błogosławionej Salomei, Męki Pańskiej oraz Matki Boskiej Bolesnej. W kaplicy Męki Pańskiej umieszczona jest replika Całunu Turyńskiego, poświęcona przez Jana Pawła II. W prezbiterium oraz nawie głównej z kolei wzrok przyciągają wspaniałe witraże zaprojektowane przez Stanisława Wyspiańskiego.
Odwiedzając kościół w okresie Bożego Narodzenia można także zobaczyć tradycyjną żywą szopkę, przygotowywaną przez franciszkanów co roku już od kilkudziesięciu lat.