Wignacourt Museum to okazały obiekt, posiadający trzy poziomy udostępniane zwiedzającym. Najniższy, podziemny, to przede wszystkim Grota św. Pawła oraz labirynt korytarzy i miejsc pochówku z czasów punickich, rzymskich i chrześcijańskich. Na parterze znajdują się pomieszczenia administracyjne i ogród. W salach wystawowych na piętrze prezentowana jest m.in. imponująca kolekcja malarstwa (Mattia Preti, Antoine Favray, Francesco Zahra) oraz przedmioty kultu, na czele z relikwiarzem św. Mateusza Ewangelisty i kopią Całunu Turyńskiego.
Na wystawach w Wignacourt Museum eksponowana jest również bogata kolekcja sreber z okresu od XVI do XIX w., rzeźby z drewna, alabastru i brązu, mapy i monety. Ciekawostką jest przenośny ołtarz, używany do odprawiania mszy dla rycerzy pełniących służbę na galerach.
Grota, w której św. Paweł Apostoł miał mieszkać w 60 r. w czasie podróży na sąd do Rzymu, stała się sławna i była miejscem pielgrzymek już w XVII w. Stało się tak dzięki staraniom Wielkiego Mistrza Alofa de Wignacourt, na którego cześć nazwano dzisiejsze muzeum.