National Museum of Natural History ma swoją siedzibę w XVIII-wiecznym pałacu, który wzniósł Wielki Mistrz joannitów Antonio Manoel de Vilhena. Muzeum prezentuje eksponaty z wielu dziedzin, poświęcone m.in. geologii i paleontologii maltańskiej oraz florze i faunie Morza Śródziemnego. Ozdobą kolekcji jest największa kałamarnica, jaką kiedykolwiek złowiono u wybrzeży Malty.
Muzeum było w posiadaniu tzw. Goodwill Moon Rock – fragmentu skały księżycowej, przywiezionej przez misję kosmiczną Apollo 17. Prezydent USA Richard Nixon w 1973 r. podarował okruchy skały wszystkim państwom świata, w tym także Malcie. Wyceniany na 5 mln dolarów księżycowy kamień nieznani do tej pory sprawcy ukradli w 2004 r.
W muzeum można obejrzeć bogate kolekcje owadów, muszli i ptaków. Na dioramach zaprezentowano typowe miejsca występowania poszczególnych gatunków. Placówka posiada też w zbiorach kilkaset skał i minerałów, prezentowanych w postaci surowej i po przetworzeniu (ozdoby, biżuteria i przedmioty użytkowe).