Muzeum Morskie zostało otwarte w II poł. XX wieku. Jego głównym celem jest przedstawienie historii i różnorodności Morza Kantabryjskiego oraz jego wpływu na miejscową ludność. Fenomenalna kolekcja składa się z blisko 350 gatunków ryb oraz pozostałości unikatowych stworzeń morskich. Dumą muzeum są ogromne szkielety wielorybów, które robią olbrzymie wrażenie nie tylko na najmłodszych.
Zjawiskowy kompleks położony jest na skraju zatoki Santander. Budynek główny oraz akwarium zaprojektowane zostały przez parę hiszpańskich architektów: Vicente'a Roiga Fornera i Ángela Hernándeza Moralesa. W 1999 roku muzeum zostało rozbudowane, dzięki czemu obecnie ma powierzchnię ponad 8500 m2.
Zbiory muzeum rozpoczęto gromadzić już w 1886 roku, kiedy to została utworzona Stacja Morska Botaniki i Zoologii Doświadczalnej.