Muzeum Świętego Izydora (Museo San Isidro) w Madrycie zostało otwarte w 2000 roku przez ówczesnego burmistrza miasta José Maríę Álvareza del Manzano. Znajduje się tu ekspozycja przedstawiająca 500 000 lat historii Madrytu i jego najbliższych okolic. Zostało nazwane imieniem patrona miasta.
Wystawę podzielono na trzy główne części: „Przed Madrytem”, „Madryt”, „Święty Izydor”. W pierwszej części zobaczyć można eksponaty prehistoryczne i poznać dzięki nim dzieje tych ziem przed pojawianiem się pierwszych zabudowań miejskich. Druga część ukazuje powstanie oraz rozwój stolicy Hiszpanii. Ostatnia poświęcona jest patronowi Madrytu i czasom, w których żył.
Stała ekspozycja muzeum zajmuje powierzchnię ok. 600 m² w budynku zwanym Do-mem Św. Izydora. Jest to rekonstrukcja oryginalnej budowli, której pozostałości wraz z renesansowym dziedzińcem oraz XVII-wieczną kaplicą można cały czas podziwiać.