Kościół św. Sebastiana (Iglesia de San Sebastián) to XVI-wieczny kościół w samym centrum Madrytu. Podobnie jak kościół San Luis, przez lata stanowił azyl dla ludzi uciekających przed oficjalnymi prześladowaniami. W 1969 roku został wpisany na listę zabytków kultury Bien de Interés Cultural.
Warto zwiedzić tu zwłaszcza kaplicę Matki Bożej Betlejemskiej, zwaną "kaplicą architektów”. Została ona zbudowana w 1693 roku. Francisco Moreno był dyrektorem prac, a późniejszą przebudową kierował Ventura Rodríguez. Obaj architekci są tutaj pochowani. Kaplica znajduje się za kryształową bramą.
Podczas hiszpańskiej wojny domowej kościół został złupiony przez siły republikańskie, a następnie prawie całkowicie zniszczony bombardowaniem sił nacjonalistów. Wiele cennych dzieł sztuki przeniesiono wówczas w inne miejsca, m. in. do klasztoru San Jerónimo el Real.