Muzeum eklezjastyczne posiada bogate zbiory, które ukazują sztukę religijną, oraz rozmaite przedmioty sakralne i liturgiczne. Zbiory te reprezentują tradycję prawosławną, dlatego też zobaczymy tutaj między innymi zabytkowe ikony. Do najcenniejszych eksponatów należy ikona z IX wieku, uznawana za najstarszą cypryjską ikonę, oraz nietypowa ikona dwustronna pochodząca z Filusy.
Wystawy Muzeum Bizantyjskiego pozwalają zwiedzającym zobaczyć również drewniane krzyże i krucyfiksy, ikonostasy, przedmioty metalowe (z których najstarsze pochodzą z VI wieku) oraz tekstylia. Muzeum posiada także unikatową kolekcję lasek biskupich i bardzo cenne manuskrypty z XV i XVI wieku.
Muzeum znajduje się w swojej obecnej siedzibie od 2017 roku. Budynek jest dostosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych. Na terenie obiektu znajduje się księgarnia, oferująca książki o tematyce związanej z profilem muzeum.