Kościół św. Jana Chrzciciela jest częścią kompleksu klasztornego należącego do zakonu franciszkanów. Świątynia ta reprezentuje styl barokowy. Budowlę charakteryzuje wieża, która mierzy 54,5 metra i jest najwyższą wieżą w Varaždinie. Przy kościele znajduje się również zabytkowa apteka, w której zobaczyć można bardzo cenne sufitowe freski wykonane w XVIII wieku.
Kościół św. Jana Chrzciciela został wybudowany w latach 50. XVII wieku na pozostałościach wcześniejszej budowli. Na terenie kompleksu klasztornego znajdował się również szpital i apteka. Sprawowały one opiekę nie tylko nad zakonnikami, ale również mieszkańcami miasta, przez co klasztor brał czynny udział w miejskim życiu.
Przy kościele stoi posąg z brązu przedstawiający biskupa Grgura Ninskiego autorstwa Ivana Meštrovicia. Według legendy pomnik ten przynosi szczęście, a żeby skorzystać z jego magicznych mocy trzeba tylko dotknąć palców u stóp posągu.