El museo presenta obras del período comprendido entre el siglo XV y la actualidad. La galería fue fundada en 1661, cuando la ciudad adquirió las colecciones privadas del abogado Basilius Amerbach. Las colecciones del Museo de Arte de Basilea no son solo pinturas, esculturas y fotografías, sino también videos, instalaciones y dibujos.
El Museo de Arte de Basilea recopila obras de artistas destacados como Konrad Witz, Mathias Grünewald, Lucas Cranach the Elder y Martin Schongauer. Las obras de arte pertenecientes a las colecciones del museo se exhiben en tres edificios. La instalación de Hauptbau se estableció en 1936, Gegenwart abrió en 1980 y el lugar, conocido como Neubau, se inauguró en 2016.
Las exposiciones más importantes de la galería, que datan del siglo XIX, son la colección del pintor Arnold Böcklin, nacido en Basilea. El siglo XX está representado por representantes de tendencias como el cubismo, el expresionismo alemán y el expresionismo abstracto. Las obras más recientes se exhiben en una galería separada: el Museo de Arte Contemporáneo.