El Palacio de los Rectores es la antigua sede del Pequeño Consejo, que junto con el Gran Consejo y el Consejo Solicitante constituyeron el gobierno democráticamente elegido de la República de Ragusa, conocida como República de Dubrovnik. Los registros de las crónicas de la ciudad muestran que el Palacio de los Rectores ya existía en el siglo 13. El edificio que ha sobrevivido hasta nuestros días es un edificio que combina elementos del gótico, el renacimiento y el barroco. Actualmente es la sede del museo, cuya colección incluye mobiliario, una rica colección numismática y una colección de armas.
El Palacio de los Rectores ha sido dañado muchas veces por incendios y terremotos. Fue casi completamente destruida por primera vez como resultado de una explosión de pólvora en 1435. La reconstrucción fue confiada al arquitecto italiano Onofrio della Cava, y luego a Michelozzo di Bartolommeo (conocido como Michelozzo Michelozzi) de Florencia, cuyo trabajo fue completado por Juraj de Dalmacia (al igual que la construcción de la Torre) Minčeta). Después del terremoto de 1667, el edificio fue restaurado a su antiguo esplendor por constructores de Korčula.
El sistema de la República de Dubrovnik era, en ese momento, muy democrático. La máxima autoridad correspondía al Rector, que era elegido una vez al mes (excepcionalmente por períodos más prolongados). Mientras estaba en el cargo, el Rector se trasladó al palacio y juró no ocuparse de ningún asunto privado, para poder dedicarse plenamente al servicio de la ciudad. En el Palacio de los Rectores, junto a las salas destinadas a las reuniones de las autoridades, también había una prisión y un arsenal municipal.
El final de la República se asemeja a un reloj que tradicionalmente se detuvo a las 5:45 el 26 de mayo de 1806, exactamente cuando las tropas de Napoleón tomaron Dubrovnik.