Das am 5. Dezember 2006 gegründete Museum präsentiert eine Sammlung wissenschaftlicher Objekte und Instrumente der Universität von Coimbra. Die Ausstellung wurde im Laboratorio Chimico eröffnet, dem ersten Labor für Chemieunterricht und Forschung in Portugal.
Das Gebäude des Labors wurde von Marquis de Pombal erbaut, einem portugiesischen Politiker und Berater von König Joseph I. Das 1772 erbaute Gebäude ist Portugals ältestes Forschungszentrum. Das hier geschaffene Museum bietet viele Attraktionen wie temporäre und permanente Ausstellungen, Führungen und Workshops.
Die Kernausstellung des Wissenschaftsmuseums in Coimbra konzentriert sich auf die Erforschung von Licht und Materie. Interaktive Exponate und Forschungen ermöglichen es den Besuchern, verschiedene Phänomene zu beobachten, darunter Newtons Experimente mit Licht oder die Neurobiologie des Sehens. Die Ausstellungen richten sich an Zuschauer jeden Alters.