Die Synagoge ist die einzige Kirche in Krakau, in der die Gläubigen des jüdischen Glaubens regelmäßig beten. Der in seiner Nähe gelegene Friedhof ist etwa 500 Jahre alt und die ältesten nachgewiesenen Bestattungen stammen aus dem Jahr 1551. Es ist auch ein Wallfahrtsort für Juden aus aller Welt, die zum Grab von Moses Isserles kommen, der 1572 starb.
Mojżesz war der Sohn eines Kaufmanns, Isserla ben Józef, der 1556 mit Zustimmung von Sigismund Augustus selbst eine Synagoge für ihn gründete. Zunächst wurde das hölzerne Tempelgebäude, das zwei Jahre später bei einem Brand zerstört wurde, in einer Backsteinversion wieder aufgebaut. Das Renaissancegebäude wurde mehrmals umgebaut und verlor seinen ursprünglichen Charakter.
Der Zweite Weltkrieg verursachte schwere Schäden, als der Tempel als Lagerhaus und Waffenlager genutzt wurde. In den Jahren 1958-1968 wurde die Synagoge renoviert und rekonstruiert. Eine interessante Tatsache ist, dass bei Ausgrabungsarbeiten in den 1960er Jahren auf einem leeren Grundstück über 700 mit Erde bedeckte Grabsteine aus dem 16. bis 19. Jahrhundert entdeckt wurden, die mit jüdischen Ornamenten verziert waren. Derzeit befinden sich an diesem Ort 711 historische Grabsteine.
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