Kościół Dolny
Nazwa lokalna: Basilica Inferiore
Bazylika Dolna to jedna z dwóch świątyń tworzących główną Bazylikę św. Fransciszka. Znajduje się w niej krypta, w której mieszczą się zwłoki świętego oraz jego najbliższych braci. Krypta jest bogato zdobiona freskami autorstwa najwybitniejszych włoskich artystów z XIV w. Przedstawiają one sceny z życia Jezusa oraz św. Franciszka.
Do krypty prowadzi XIII-wieczny portal zwieńczony rozetą. Poprzedza go kruchta stworzona przez rzeźbiarza Francesca di Bartolomeo da Pietrasantę. Składa się ona z łuku wspartego na dwóch kolumnach z attyką, którą zdobią mozaiki przedstawiające sceny z życia św. Franciszka.
Do nawy głównej przylega 5 kaplic, które również są zdobione freskami. Ponadto po prawej strony nawy znajduje się przejście do tzw. Pokoju Kapitulnego, znanego jako Kaplica Relikwii. Został on zbudowany w pierwszej połowie XIII w. Są w nim przechowywane relikwie św. Franciszka.