W pięciu pokojach najstarszej części muzeum można obejrzeć jadalnię, salon i sypialnię na parterze oraz pokój Gnatowskiego i pokój służącego na piętrze. W „izbie góralskiej” znajduje się autentyczna, etnograficzna kolekcja Zygmunta Gnatowskiego. Wszystkie pozostałe meble, sprzęty i drobiazgi rzemiosła artystycznego pochodzą natomiast z okresu największego rozkwitu stylu zakopiańskiego - na przełomie XIX i XX w. Muzealne wnętrza aranżował Władysław Hasior.
Muzeum mieści się w Willi Koliba – pierwszym domu wzniesionym w stylu zakopiańskim, wybudowanym według projektu Stanisława Witkiewicza. Muzeum założono w 1993 roku, adaptując istniejące w willi pomieszczenia. Budowę samej willi ukończono w 1893 roku. Już od początku swego istnienia budynek ten miał służyć ekspozycji zbiorów etnograficznych.
Obecnie willa „Koliba” podlega Muzeum Tatrzańskiemu im. dra Tytusa Chałubińskiego w Zakopanem. Oddział ten jest jedynym w Polsce miejscem ukazującym historię zakopiańskiej architektury, jej założeń i cech charakterystycznych.