Kościół i przylegający do niego klasztor wchodzą w skład zespołu franciszkańskiego. Mimo zniszczeń wojennych w świątyni zachowało się wiele elementów dawnego wyposażenia: barokowa ambona, 43-głosowe organy z 1925 r. oraz obraz Matthiasa Kargena Stygmatyzacja św. Franciszka.
Dawniej w miejscu obecnej świątyni znajdował się pierwszy, drewniany kościół franciszkanów, którzy przybyli do Warszawy w XVII w. Został on spalony w czasie potopu szwedzkiego. Utworzony na jego miejscu zespół klasztorny zmieniał swoje funkcje. W klasztorze zorganizowano carską ochronkę dla dzieci, kościół zaś służył katolikom z armii rosyjskiej. Franciszkanie odzyskali kościół i część zabudowań po zakończeniu I wojny światowej, a w pozostałej części budynków znajdowały się zakłady Polskiego Fiata.
W czasie II wojny światowej świątynia znalazł się przy północno-wschodnim krańcu warszawskiego getta. Została zbombardowana po wybuchu Powstania Warszawskiego. Zachowały się jednak ściany boczne, ołtarz św. Antoniego i wiele elementów barokowego wyposażenia.
Atrakcje wewnątrz
