Kościół to drewniana budowla gotycka z elementami renesansowymi. Należy do zabytków klasy zero, czyli najcenniejszych w skali światowej. W kościele zachowały się ołtarz w formie tryptyku, z rzeźbą Matki Boskiej z Dzieciątkiem, 117 malowideł ściennych przedstawiających sceny biblijne oraz manierystyczna chrzcielnica.
Kościół w Klępsku budowany był w latach 1367 – 1377. Jest jednonawową świątynią z wieżą o konstrukcji słupowej oraz murowaną zakrystią. Wnętrze kościoła wykonane zostało w stylach gotyckim i renesansowym. Ołtarz Matki Bożej z Dziecięciem powstał ok. 1400 roku. Przez pierwsze trzy wieki swego istnienia kościółek w Klępsku był świątynią katolicką.
W czasach reformacji, w 1576 roku kościół przeszedł w ręce ewangelików. Z czasów ewangelickich pochodzi większość malowideł ściennych. Obrazom towarzyszą inskrypcje, komentujące sceny na malowidłach. Drewniany kościół w Klępsku jest przykładem współistnienia sztuki i kultury katolickiej i protestanckiej.