Główna siedziba Muzeum Morskiego mieści się w trzech spichlerzach na Ołowiance. Dla zwiedzających zostały przygotowane ekspozycje ukazujące morskie dzieje Polski i Polaków od wczesnego średniowiecza aż do współczesności, historię nurkowania i archeologii morskiej w kraju i na świecie, czy dzieła malarzy marynistów. Muzeum organizuje również lekcje muzealne i zajęcia weekendowe dla dzieci.
Najstarszy ze spichlerzy to gotycki spichlerz 'Oliwski', zwany także 'Klasztornym' od cystersów oliwnych, którzy go użytkowali. Drugi to barokowy Spichlerz 'Panna' - nazwę swą zawdzięcza figurze, która stała na jego szczycie. Spichlerz ten powstał na miejscu średniowiecznego 'Szkarpawskiego'. Ostatni spichlerz to 'Miedź' od przechowywanego w nim surowca.
Jedna ze stałych ekspozycji muzeum przedstawia życie i dokonania Jerzego Wojciecha Doerffera – animatora polskiego okrętownictwa.