Muzeum gromadzi zabytki archeologiczne z terenów Pomorza Gdańskiego. Jego siedziba mieści się na brzegu Motławy, w zabytkowym budynku tzw. „Domu Przyrodników”, pochodzącym z XVI wieku. Znajduje się tutaj ponad 30000 eksponatów archeologicznych, przyrodniczych i etnograficznych od epoki kamienia, aż po czasy nowożytne. Chętni mogą podziwiać panoramę Gdańska z wieży widokowej.
Zwiedzający będą mieli szansę poznać historię Gdańska, czy obejrzeć bogate zbiory z dziejów Pomorza (zbiór urn twarzowych). Oprócz tego można tu podziwiać kolekcję bursztynu, a nawet zabytki kultury ludności Sudanu.
Muzeum prowadzi także badania wykopaliskowe, a znaleziska prezentowane są na specjalnych wystawach. Prowadzona jest także działalność naukowa i edukacyjna - organizowane są tutaj wykłady otwarte i lekcje muzealne dla dzieci i młodzieży. Warsztaty obejmują tematy od pradawnych dziejów ludzkości po historię XVII-wiecznego Gdańska.